隨著“兩票制”、營改增、金稅三期等政策的落地，我國醫藥商業結構必將發生大的改變，所以，增加對上下游的增值服務來獲得合理的、更高的利潤，是現在很多醫藥商業企業必須考慮的問題。這就導致醫藥商業企業必須考慮進行盈利模式轉型，才能提高生存概率和利潤水平。

目前，我國醫藥商業的主要業績并不是來自于增值服務，而是來自醫藥配送、調撥、差價、掛靠、過票等，這些盈利模式一些是高成本低利潤的，一些是政策和法律不允許不支持的。

因此，發展現代物流成為大中型醫藥商業企業的必然選擇。但是，很多大中型醫藥商業企業由于短期壟斷區域的物流配送，尤其是成為醫院指定配送商業后，反而有些不在意對現有醫藥物流的改進和發展。

由于一些政策性支持和區域政府關系的因素，大型的全國性醫藥商業除了九州通一家外，其余都是國有企業，比如國藥控股、華潤、上藥等。中型企業主要以盤踞在各個省份或者地級市原有的國有省醫藥公司為主。

這些國有醫藥商業企業對利潤和發展要求不高，對規模有著非同尋常的偏好。所以，很多國有醫藥商業企業通過政策支持獲得指定配送資質或者通過托管藥房等壟斷行為就可以獲得較好的收益，之后就滿足于現有的業務成績，不再尋求更好的發展路徑和發展模式。

國有醫藥商業企業的做法直接導致我國整體醫藥商業發展呈現靠關系、靠壟斷、不靠管理、不靠創新的態勢，導致我國醫藥商業整體競爭力低下，各種非正常業態存續的情況成為常態。這種情況國家看得很清楚，逐步放開對快遞企業的限制就是希望通過門外的野蠻人來沖擊這個行業的一些老舊的、固有的傳統現狀。未來，不僅是快遞企業對大中型醫藥商業帶來沖擊，國外的醫藥商業企業也會逐步進入中國。

筆者認為我國醫藥商業企業的轉型就是從傳統的業務形態、非法的業務形態為上下游企業提供增值服務的業態轉變。

對中小醫藥商業企業而言，由于不具備大中型商業企業的政府資源，沒有壟斷權力，就在發展中尋找自身適合的運營模式，但一些運營模式本身就不具備發展的潛力，有些甚至非法的。比如調撥業務，很多線上B2B業務發展很快，網上有大量的調撥類醫藥產品信息，可以讓很多醫院、藥店、診所等快速購買到調撥類藥品，這導致很多以調撥業務生存的醫藥商業企業難以為繼。控銷導致大包自然人興起，調撥型商業企業就轉型發展掛靠、過票等業務，獲得大量的非法收益。

以前，非主流的中小醫藥商業企業可以通過作為大中型醫藥商業的延伸配送構建自身的業務形態，比如縣域市場，很多國有大型商業是無法配送的，一些區域的中小配送商業就成了這些大型商業的配送延伸服務單元，這與大型商業形成了較好的互補關系，有的中小型商業企業甚至獲得了大型商業的青睞，被兼并或并購。但在 “兩票制”下，向偏遠地區配送的中小型商業可能會獲得一票權限，大多數中小型商業就沒有這方面的優勢。